Kirurgiassa käytettäville lääketieteellisille instrumenteille on kaksi sterilointimenetelmää, nimittäin korkean lämpötilan sterilointi ja matalan lämpötilan sterilointi.
1. Korkean lämpötilan sterilointimenetelmä on käyttää korkeaa lämpöä mikrobiproteiinien denaturoimiseksi bakteerien tappamisen tavoitteen saavuttamiseksi. Se on kliinisesti laajimmin käytetty, ja yleisesti käytetään painehöyrysterilointia, joka sopii instrumenteille ja tuotteille, jotka kestävät suurta kosteutta ja lämpöä. Saatavilla on myös flash-höyrysterilointi, jota voidaan käyttää paljaille instrumenteille ja esineille.
Toiseksi sterilointi matalassa lämpötilassa, usein etyleenioksidisterilointia käyttäen. Kliinisin sovellus, etuna on, että se ei vahingoita steriloituja esineitä, sillä on vahva läpäisykyky ja sillä on hyvä mikro-organismien tappava vaikutus. Matalan lämpötilan formaldehydihöyrysterilointia voidaan käyttää lääkinnällisille laitteille, jotka eivät kestä korkeita lämpötiloja.
